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五代十国时，战乱迭起，前蜀皇帝王建曾将其改名为宣华苑，昭觉寺仅存“房舍五间，田土三百廛”。后殿堂衰颓，寺庙荒芜。[北宋]真宗大中祥符元年(1008年)，休梦禅师五世法嗣延美禅师住持昭觉，用了30多年的时间进行全面修复，殿堂房舍增至300余间，建有大雄宝殿、唱梵堂、罗汉堂、六祖堂、翊善堂、列宿堂、大悲堂、轮藏阁等主体建筑，塑像、画像、碑记、寺额等恢复旧貌。寺内经济实力雄厚。李畋《重修昭觉寺记》中载道：“供食之丰洁，法席之华焕，时一大会，朝饭千众，累茵敷座，未有一物，爱假外求”。神宗元丰末年(1085年)，禅宗临宗禅师纯白任昭觉寺住持，开堂说法，从者甚多，被称为“西川第一丛林”。
宋徽宗崇宁年间(1102～1106年)及[南宋]产高宗绍兴初年(1131年)，昭觉寺以两度主持寺内的[南宋]禅僧圆悟声名最隆。他的《碧岩录》、《圆悟心要》不仅是中国佛教临济宗的重要著作，并且远传日本，被列入日本的大正藏，对日本禅学影响深远。他所著《茶禅一味》传入日本300余年，至今还被日本茶道界奉为至宝。至今，日本和东南亚一带的许多佛教寺庙还把昭觉寺视为祖庭。
明代洪武二十年(1387年)，朱元璋命蜀献王迎接智润禅师任昭觉寺住持，并扩建寺庙。据清代李羽中霭《重修昭觉寺记》记载：“明蜀献王又拓之，周围墙垣缭绕七百余丈，绀殿绮云，金身撑汉，以致藏阁僧廊，诸天佛祖，莫不宏丽俱备。”崇祯十七年(1644年)毁于张献忠兵火。
清康熙二年(1663年)，丈雪通醉法师（即“当时著名高僧破山和尚”）自江浙归来，在此结茅禅居，发愿重修寺庙，开荒种田，植树造林，筑堤引水，修石堰长达7.5km。并筹款重建，先后修建了大雄宝殿、圆觉殿、天王殿、金刚殿、说法堂、藏经楼、八角亭等殿宇，得平西郡王吴三桂、巡抚张德地等的资助，积四十年之力，重塑佛像，迎请佛经，恢复丛林大观。丈雪法师采取的一系列生产自救措施，终于使寺庙发展成为“川西第一丛林”。
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