课程设置
目前海德堡大学有18个系:

神学系　有科学神学专业和实用神学专业，前者包括新约、教堂史、基督教考古学、教职知识、系统神学等课程。此外还有基督教研室和基督教主祭研究室。

法学系　有法学、外国和国际私法与经济法、法学史、社会经济法、刑事法、财政税和德国与欧洲管理法等专业。

医学总系　下有各类专业和系。它们是自然科学医学系，有解剖学和细胞生物、生理学、实验用动物学、生化、医学史等专业；理论医学系，有医学法、人类遗传学与人类学、病理学、卫生学、免疫学与血清学、医学生物统计学与信息学、工作社会医学等专业；临床医学系I，有医学门诊、普通病理解剖学、外科临床、麻醉学、神经外科、妇科、儿科和矫形外科等专业；临床医学系Ⅱ，它有神经病学、心理学、心身医学、眼科、皮肤科、放射学、口腔学等专业，后期临床医学系，设有普通医学、眼科、外科、妇科、耳鼻喉科、皮肤科、麻醉学和外科手术医学、医学微生物和卫生学、临床放射学、药物学和毒剂学、儿科临床、临床化学、内科临床、医学临床、医学统计、生物数学与信息处理学、神经病学、矫形外科学、病理学、泌尿外科学和精神健康学等等专业。

哲学历史系　有哲学、历史、东欧历史、政治学、艺术史学等专业。

东方学与古代学系　有东方语言、埃及学、汉学、日本学、古典语文学、早期史学、古代史和考古学等专业。

新哲学系　有日耳曼学、英国语言文学、罗马学、中世纪和新时代拉丁哲学、斯拉夫语、语言学、口译和笔译、作为外语的德语等等专业。

经济学系　有国际经济和社会统计比较学、社会学史和经济史等专业。

社会行为学系　有心理学、社会学、运动学和老年病学等专业。

自然科学－数学总系　下的专业系是数学系（数学和应用数学两个专业）、化学系（有机化学、无机化学、物理化学等专业）、药剂学系（有药物化学、药物生物学、药物技术和生物药剂学等专业）、物理与天文学系（有应用物理学、物理学、环境物理、高能物理、理论物理和理论天文物理学等等专业）、生物学系（有生物化学、植物学、系统植物与植物地理学、植物园学、动物学、微生物学、分子遗传学、神经生物学、细胞学和生物医学等等专业）、地壳学系（有地质古生物学、矿物岩类学、沉积物研究学、实验室地质年份研究学和地质学等专业）。